使用蛋白質組學質譜數據處理軟件如Skyline對帶有聚糖的肽段進行定量時，存在一個痛點，即軟件靠翻譯后修飾的質量為標識符，而不同糖肽鏈接的聚糖異構體會被視作同一肽段，導致定量不準確。為解決此問題，化學生物學平臺朱奕穎博士建立了一種區分糖同分異構體的新方法。該方法通過計算機模擬使用相似質量同位素替換待定量的聚糖異構體的結構異構體中的同位素，得到化學式和質量發生改變的模擬聚糖異構體，然后基于質譜數據對所述模擬聚糖異構體進行定量，得到不同結構異構體的定量結果。
化學生物學平臺使用此新方法對肝癌患者血清與正常人血清中的含唾液酸的糖肽進行了分析。通過質譜分析用pGlyco糖肽搜索軟件共鑒定到1218條糖肽。經過對1218條糖肽中的聚糖異構體進行質量微調加以區分，再用Skyline軟件將鑒定到的糖肽全部定量，結果顯示糖肽無缺失值，最終獲得315條糖肽在肝癌與正常人血清中的改變大于2.5倍。所建立的通過計算機模擬替換相近質量同位素區分聚糖結構異構體方法可以有效地區分不同糖肽鏈接聚糖異構體，同時能夠準確且無缺失值的對鑒定得到的糖肽均進行定量和差異分析。
發明專利“通過計算機模擬替換相近質量同位素區分聚糖結構異構體的方法”于2023年6月獲得授權。
